学6年级时的一天，进藤光去爷爷家里寻宝，不料偶然翻出一个旧棋盘。就在他接触棋盘的一瞬间，附身于棋盘之中的平安时代天才棋手——藤原佐为的灵魂进入了小光的体内。佐为热爱围棋如同生命，小光受到他的熏陶，又结识了棋坛名人之子——天才少年塔矢亮，渐渐对围棋产生了兴趣。
为了追赶塔矢亮，小光考上了院生，在短短几个月的时间里，他从二组最后一名上升至一组第7名。虽然在幼狮战上，小光未能与塔矢亮一决雌雄，但他的棋艺突飞猛进，在艰难的职业棋手考试中脱颖而出，顺利地成为了职业棋手。然而就在此时，佐为突然无声无息地消失了。小光四处寻找佐为，却未能找到他的下落。小光心灰意冷，决定不再下棋，但他终于发现，原来佐为已经融入了自己的心中。他决心继承佐为的意志，成为一代棋神。